娛樂城|微生物組搜索引擎2幫助微生物組探索

元基因組學是對環境樣本中遺傳物質的研究,它隨著物種的進化或在全球範圍內的發現而不斷發展。關聯新開發的麥克風娛樂城評價為了利用現有的數據集建立生物群落,中國的一組研究人員開發了微生物組搜索引擎2(MSE 2)。它於1月19日發佈在微系統(美國微生物學會雜誌)上。 “在這裡,我們介紹了MSE 2,這是一個微生物組數據庫平台,用於基於整個微生物組的分類或功能相似性在全球元基因組數據空間中搜索查詢微生物組,”聯合首先說道娛樂城 作者:中國工科院青島生物能源與生物工藝技術研究所(QIBEBT)中國科學院生物燃料重點實驗室單細胞中心井功超。  

搜索引擎的先前版本將查詢限制在分類相似性上,這意味著功能基因必須匹配。研究人員沒有辦法比較在各種微生物組中執行相同功能的不同樣品。據JING稱,研究相同功能在不同微生物中可能如何進化的能力可以為識別和治療疾病提供指導。  

JING說:“基於搜索的策略對於大規模挖掘微生物組數據集很有用,可以鳥瞰微生物組數據空間並通過微生物組大數據診斷疾病。”  

“通過功能相似性搜索微生物組空間的新功能極大地擴展了微生物組大數據基於搜索的挖掘範圍,” JING補充說。 “通過為這些及相關應用程序添加基於功能的維度,MSE 2將加速對不斷擴大的元基因組數據空間的大規模挖掘。” 

MSE 2包括一個擴展的數據庫,其中包含來自819個研究的元數據,更新的數據兼容性以更好地合併新近可用的數據集和用戶友好的界面。單個查詢只需不到半秒的時間即可對超過260,000個樣本的整個數據庫進行搜索。  

“在過去的十年中,我們一直在熱情地收集已發布的微生物組數據-它們記錄了微生物物種的種類以及曾經有過的微生物群落的類型。 娛樂城推薦生活在我們的星球上。通過將它們收集並整理到一個可用的數據庫中,MSE 2可以讓後代“記住”這些地球上看不見但關鍵的生物,以及那些首先發現它們的科學家被認可。”來自單細胞中心的參考文獻G,Liu L,Wang Z,et al。微生物組搜索引擎2:在整個微生物組水平上進行全球微生物群落分類和功能搜索的平台。 微系統2021; 6(1)。 doi:10.1128 / 微系統.00943-20

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