娛樂城|繪製更清晰的癌症微生物組圖片

生物醫學娛樂城杜克大學的工人們已經設計了一種算法,可以從癌症基因組圖譜(TCGA)中刪除受污染的微生物遺傳信息。通過更清晰地了解健康和癌變狀態下各個器官中生活的微生物群,研究人員現在將能夠找到疾病的新生物標記,並更好地了解眾多癌症如何影響人體。在第一次使用新污染數據的研究中,研究人員已經發現正常和癌性器官組織的微生物群組成略有不同,這些患病部位的細菌可以進入血流,並且這些細菌信息可以幫助診斷癌症並預測患者預後。結果於12月30日在線發布在日記中 細胞宿主與微生物.TCGA是一項具有里程碑意義的癌症基因組計劃,其分子特徵超過20,000種原發癌,並匹配了涵蓋33種癌症類型的健康樣本。它有親娛樂城產生超過250萬克娛樂城推薦千兆字節的“ omic”數據。該圖集包括存在的DNA,DNA上的表觀遺傳標記,打開的DNA以及正在生產的蛋白質。它是免費提供給公眾的。從地圖集數據中進行的一項研究表明,大腸癌中存在大量的核梭形芽孢桿菌,此後已被證明可指示此類癌症的分期,生存,轉移甚至藥物反應。已經進行了更多的研究來尋找這種細菌生物標誌物,但是很少被發現。造成這種情況的主要原因是污染。當實驗室不小心將細菌引入樣品中時,很難辨別樣品中實際存在的物種。雖然類似的微生物研究使用糞便等富含微生物的材料可以克服少量污染,但從活的人體器官和腫瘤樣品中提取的相對較小的樣品卻不能。當檢查TCGA測序數據的子集時,先前的分析發現,來自微生物的DNA物種的數量是實驗室污染的結果。“所有微生物群研究都受到這樣一種觀念的困擾:如果您發現了一種微生物,它是真的存在於組織中還是在加工過程中引入了污染?”杜克大學霍金斯家族生物醫學工程副教授沉希玲說。 “我們發明了一種方法,可以提取每個樣本中真正存在的微生物,並將其用於構建我們所謂的癌症微生物組圖集,這對於社區而言將是一個巨大的資源,並使我們能夠了解癌症如何改變沉氏實驗室的研究生安德斯·多爾曼(Anders Dohlman)發明了從TCGA數據中去除污染的方法。 Dohlman首先比較了來自不同器官和血液的癌組織之間的微生物組特徵,並排除了不加區別地出現的污染物種類。然後,他比較了在哈佛到貝勒等不同地點加工的相同樣品的微生物組特徵。 Dohlman總結說,只能從特定位置檢測到的微生物是污染物,這使他可以為每個位置分配獨特的污染特徵。“在此過程中,最大的挑戰是混合證據物種,即細菌是這既是污染物又是組織的內源性疾病。” “但是,由於TCGA有許多不同類型的數據,因此我們能夠進行梳理。大數據確實有幫助!”這項工作已經以各種方式獲得了回報。在使用Dohlman的去污算法後,研究人員仔細觀察了從結直腸癌患者身上採集的樣品的微生物群特徵。他們發現了經常一起發現的兩組獨特細菌,其中一組似乎與患者的生存有關。研究人員還發現,某些癌症確實確實改變了其駐留器官的微生物組。沉的原因可能是,腫瘤改變了器官的微環境,使其或多或少地適合於不同的微生物物種。通過尋找患者血液樣本中的微生物特徵,他們還發現,儘管有相反的傳統看法,但某些細菌確實確實進入了血液,這也可能表明癌症的進展。由於受到污染的挑戰,有關能否複製高規格論文的工作陷入危機。” “例如,雖然一個中心可以復制其結果,但另一個中心則不能。這說明了原因:每個中心都有其自身非常一致的偏差。(其自身存在的微生物污染物。)將來,新的研究可以使用我們的消除這種偏見並重現結果的方法,研究中心可能能夠利用我們已經確定的偏見來減輕其污染。”參考資料:Dohlman AB,Arguijo Mendoza D,Ding S等人。癌症微生物組圖譜:泛癌比較分析以區分娛樂城評價 殘留在組織中的微生物群。 細胞宿主與微生物2021. doi:10.1016 / j.chom.2020.12.001本文已從以下材料重新發布。注意:材料的長度和內容可能已被編輯。有關更多信息,請聯繫引用的來源。